基因的 "分子印章"：DNA 甲基化的原理與定義

在基因組的 "書寫系統" 中，DNA 甲基化如同一種隱形的 "分子印章"—— 在 DNA 甲基轉移酶（DNMT）的催化下，S - 腺苷甲硫氨酸（SAM）提供甲基基團，將胞嘧啶（C）修飾為 5 - 甲基胞嘧啶（5mC），主要發生在哺乳動物的 CpG 二核苷酸位點（圖 1）。這種修飾不改變 DNA 序列，卻能像 "基因開關" 般調控染色質構象與基因表達，堪稱表觀遺傳學的 "基礎語法"。其中哺乳動物細胞中甲基化主要發生在CG雙核苷酸的胞嘧啶上（Goldberg AD, 2007），植物細胞中則存在很大比例的non-CG（CHH、CHG，H代表A、C、T）甲基化（Jackson JP, 2002）。

甲基化的 "雙重生活"：維持與重建的分子邏輯

? 維持甲基化：遺傳信息的 "復印機"

DNA 半保留復制時，DNMT1 如同 "遺傳復印機"，以母鏈甲基化為模板，在子鏈對應位置添加甲基，準確率達 95%。這種 "代代相傳" 的修飾確保了細胞分化過程中基因表達模式的穩定。

? 重新甲基化：基因網絡的 "重編程師"

當 DNA 雙鏈未甲基化時，DNMT3A/3B 作為 "重編程師"，識別特定染色質結構或 RNA 同源序列，啟動全新的甲基化標記。該過程常與基因沉默形成因果循環 —— 先有基因沉默，后有甲基化 "蓋章確認"。

三、甲基化失衡：癌癥發生的 "隱形推手"

? 基因組的 "穩定性危機"

小鼠實驗證實，甲基轉移酶缺失會導致胚胎發育停滯；全基因組去甲基化則引發染色體不穩定，為腫瘤發生埋下隱患。這種 "表觀遺傳不穩定" 如同基因組的 "拼寫錯誤"，逐漸積累成致癌突變（圖 4）。

? 抑癌基因的 "沉默陷阱"

在癌癥早期，抑癌基因啟動子區的 CpG 島常被異常甲基化 "封印"。例如 Rb 基因啟動子高甲基化，會使其失去調控細胞周期的功能，成為癌癥發生的 "第一塊多米諾骨牌"。

檢測技術：解碼甲基化的 "分子工具"

• 限制性酶切法：甲基化的 "剪刀測試"

利用甲基化敏感酶（如 HpaII）對甲基化位點不切割的特性，通過片段大小分析判斷甲基化狀態，如同用 "分子剪刀" 測試 DNA 的修飾狀態。

• 亞硫酸鹽測序：DNA 的 "化學顯影術"

亞硫酸鹽處理使未甲基化 C 轉變為 U，而 5mC 保持不變，經測序對比即可繪制甲基化圖譜。全基因組甲基化測序（WGBS）便是基于這一原理，堪稱甲基化檢測的 "黃金標準"。

• 親和富集法：甲基化的 "磁選技術"

MeDIP 利用 5mC 特異性抗體 "釣取" 甲基化片段，MBDCap 則通過甲基結合蛋白富集高 CpG 密度的甲基化區域，如同用 "分子磁鐵" 分離目標 DNA。

• 新技術：Avida 甲基化

近年來 安捷倫通過收購整合了Avida甲基化測序技術。 使用專用3D 傘型探針 進行甲基化捕獲，大大提高了甲基化序列的回收率。使用該技術更有利于檢測低起始量樣本例如cfDNA，同時減少了檢測時間，能實現高靈敏度檢測。  

甲基化研究的 "工具箱"：重要數據庫盤點

? DNAmod：修飾信息的 "百科全書"

收錄 DNA 修飾的測序方法、自然分布及命名規則，幫助研究者快速檢索甲基化相關知識。

? SEanalysis：超級增強子的 "導航系統"

整合 540 + 種細胞 / 組織的超級增強子（SE）數據，構建 TF-SE - 基因的調控網絡，支持可視化分析。

從胚胎發育到腫瘤發生，DNA 甲基化如同基因組的 "分子指紋"，記錄著基因表達的動態歷史。盡管 WGBS 等技術已能繪制精細的甲基化圖譜，但它與 lncRNA、組蛋白修飾等調控因子的協同作用，仍如同 "基因表達交響樂" 中未破譯的樂章。正如研究者所言：每一個甲基化位點都是打開表觀遺傳黑箱的鑰匙，而我們才剛剛開始收集這些鑰匙。

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表觀遺傳之DNA 甲基化：基因表達的分子指紋與表觀調控密碼